Правильный способ сделать это, согласно документации - использовать редактор игнорируемых файлов https://docs.nextcloud.com/desktop/latest/navigating.html#using-the-ignored-files-editor
Файл sync-exclude.lst - это общесистемный список игнорирования, а не просто файл, созданный в папке, которую вы синхронизируете. В документации прямо сказано, что этот файл не следует редактировать.
Прикрепляю к посту несколько видео по теме: