При прекращении синхронизации OneDrive сохраняет все данные, которые были на локальном HDD. При повторном включении синхронизации тех же файлов OneDrive сообщит вам, что уже нашел папку с данными на локальном HDD, и спросит, хотите ли вы использовать эту папку или начать с новой. Вы выбрали создание новой папки.
Снова удалите синхронизацию из учетной записи. Убедитесь, что ваши данные находятся в безопасности в облаке. Удалите локальные папки с жесткого диска. Снова включите синхронизацию.
Рекомендую посмотреть эти видео для лучшего погружения в вопрос: